Hệ thống cơ sở dữ liệu Dược Quốc Gia đã hoàn thành việc chuyển từ hệ thống cũ sang hệ thống mới. 
Tài khoản liên thông cơ sở dữ liệu Dược Quốc Gia cũ trước đây nhà thuốc đã đăng ký, bây giờ không còn sử dụng được nữa. Toàn bộ cơ sở kinh doanh dược phải đăng ký lại từ đầu trên hệ thống mới tại csdlduoc.com.vn, hạn hoàn thành trước ngày 31/8/2026.
Đây không phải là nghĩa vụ mới. Việc liên thông dữ liệu đã có từ Thông tư 02/2018, và Thông tư 11/2025 đã đưa việc này vào chuẩn Thực hành tốt cho nhà thuốc GPP, bắt buộc từ 1/1/2026.
Dưới đây là các bước thực hiên, cơ sở kinh doanh dược cần làm đúng trình tự.
BƯỚC 1. ĐĂNG KÝ TÀI KHOẢN
Các bước thực hiện:
•    Truy cập website https://csdlduoc.com.vn/, bấm Đăng ký, chọn tab Cơ sở bán lẻ rồi chọn loại hình tương ứng (nhà thuốc hoặc quầy thuốc). 
•    Nhập Tỉnh/Thành phố và số Giấy chứng nhận, hệ thống sẽ tự điền phần còn lại để nhà thuốc kiểm tra, bổ sung. 
•    Nhập tên cơ sở kinh doanh dược, mã số thuế và các thông tin liên quan theo đúng thông tin trên giấy phép đăng ký kinh doanh
•    Nhập địa chỉ email mà nhà thuốc thường xuyên sử dụng, mọi kết quả phê duyệt đều trả về email
•    Cơ sở có chi nhánh thì đăng ký cơ sở chính trước, chi nhánh đăng ký sau và cần thêm Mã địa điểm kinh doanh, nếu không có chi nhánh thì bỏ chọn ở mục này. Chuỗi nhà thuốc dùng tài khoản chuỗi để tạo tài khoản cho từng thành viên.
•    Nhập thông tin dược sĩ phụ trách chuyên môn kèm số Chứng chỉ hành nghề, ngày cấp, nơi cấp
•    Upload bản scan giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất/kinh doanh thuốc
•    Cuối cùng bấm nút Đăng ký
Tên đăng nhập được cấp chính là mã số thuế của cơ sở. Gửi đăng ký xong, cần kiểm tra email mỗi ngày, kể cả hộp thư rác.
BƯỚC 2. NHẬP TỒN ĐẦU KỲ NGAY KHI TÀI KHOẢN ĐƯỢC DUYỆT
Đây là việc bắt buộc. Chưa nhập tồn đầu kỳ thì mọi dữ liệu bán hàng đẩy lên sau này đều báo lỗi.

Cách làm: kiểm kê thực tế theo số lô và hạn dùng, tải file Excel mẫu của hệ thống về, nhập thông tin rồi tải lên. Mặt hàng tồn bằng 0 thì không cần khai số lô và hạn dùng.
Kinh nghiệm: đừng chờ có tài khoản mới kiểm kho. Kiểm kê song song ngay trong lúc chờ duyệt, vì với nhà thuốc dữ liệu kho chưa gọn thì đây mới là phần tốn thời gian nhất chứ không phải khâu đăng ký.
BƯỚC 3. VẬN HÀNH
Cơ sở kinh doanh dược chịu trách nhiệm pháp lý về tính chính xác, đầy đủ, kịp thời của dữ liệu mình đẩy lên, nên cần triển khai đúng ngay từ đầu. Theo dõi mục thông báo trên hệ thống vì cơ quan quản lý sẽ nhắn qua kênh này. Và để ý một chi tiết: màn hình đăng ký đã có sẵn nút đăng ký bằng tài khoản VNeID, tín hiệu cho thấy bước định danh, xác thực sẽ đến sớm. Giữ hồ sơ pháp lý của cơ sở gọn gàng từ bây giờ.