Các nhà thuốc - quầy thuốc được phân chia thành các nhóm như sau để quản lý về thuế:

1. NHÓM SỐ 1: áp dụng đối với hộ kinh doanh có doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm (tương ứng mức doanh số dưới  548.000đ/ngày)
•    Thuế Giá Trị Gia Tăng: Không phải nộp
•    Thuế thu nhập cá nhân: Không phải nộp
•    Trách nhiệm kê khai doanh thu: Kê khai 2 lần/năm (đầu năm & cuối năm, hoặc giữa năm & cuối năm)
•    Hóa đơn Giá Trị Gia Tăng: Không bắt buộc
•    Sổ kế toán: Ghi chép đơn giản
•    Tài khoản ngân hàng: Không bắt buộc

2. NHÓM SỐ 2: Áp dụng đối với hộ kinh doanh có doanh thu từ 2 tỉ/năm đến 3 tỉ/năm (tương ứng mức doanh số từ 550.000đ/ngày đến 8.200.000đ/ngày)
•    Thuế Giá Trị Gia Tăng: Phải nộp.
Thuế GTGT = Doanh thu x 1% 
Ví dụ: Doanh thu 500.000.000đ/năm tức 1.370.000đ/ngày sẽ phải đóng thuế GTGT 5.000.000đ/năm (416.000đ/ tháng)
•    Thuế thu nhập cá nhân: Phải nộp
Thuế TNCN = Doanh thu x 0,5%
Ví dụ: Doanh thu 500.000.000đ/năm tức 1.370.000đ/tháng sẽ cần đóng thuế TNCN 2.500.000đ/năm (208.000đ/tháng) 
•    Trách nhiệm kê khai doanh thu: 
Kê khai theo quý; 4 lần/năm 
Quyết toán theo năm
•    Hóa đơn:
Bắt buộc đối với trường hợp doanh thu trên 1 tỉ/năm, với trường hợp doanh thu dưới 1 tỉ/năm thì không bắt buộc.
Phải dùng hoá đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.
•    Sổ kế toán: đơn giản
•    Tài khoản ngân hàng: bắt buộc mở riêng một số tài khoản để phục vụ kinh doanh.
Không dùng chung số tài khoản của hộ kinh doanh với số tài khoản chi tiêu cá nhân
Không dùng chung số tài khoản của hộ kinh doanh cho việc đổi tiền hoặc với mục đích khác 
•    Chuyển đổi phương pháp tính thuế: Có áp dụng
Nếu doanh thu lớn hơn 3 tỉ trong 2 năm liên tiếp sẽ chuyển đổi áp dụng nhóm số 3.

3. NHÓM SỐ 3: Đối với hộ kinh doanh có doanh thu hơn 3 tỉ/năm (tương ứng doanh số hơn 8.200.000đ/ngày)
•    Thuế Giá Trị Gia Tăng: Phải nộp
Bắt buộc áp dụng thuế khấu trừ
Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
•    Thuế thu nhập cá nhân: Phải nộp
Thuế TNCN tính trên thu nhập tính thuế x17%
Thu nhập tính thuế = Doanh thu - Chi phí hợp lí
•    Trách nhiệm kê khai doanh thu:
Kê khai theo quý 4 lần/năm, quyết toán năm
Kê khai theo tháng (áp dụng cho trường hợp doanh thu hơn 50 tỉ)
•    Hóa đơn: bắt buộc dung hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.
•    Sổ kế toán: chuyên nghiệp.
Bắt buộc theo chế độ kế toán của doanh nghiệp nhỏ và vừa
•    Tài khoản ngân hàng: bắt buộc mở riêng một số tài khoản phục vụ cho kinh doanh.
Không dùng chung số tài khoản của hộ kinh doanh với số tài khoản chi tiêu cá nhân
Không dùng chung số tài khoản của hộ kinh doanh cho việc đổi tiền hoặc với mục đích khác 
•    Chuyển đổi phương pháp tính thuế: có, áp dụng như doanh nghiệp.
Được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hợp lí