Kinh doanh phòng khám tư nhân là dịch vụ kinh doanh có điều kiện, không những chịu sự quản lý của Sở kế hoạch đầu tư mà còn phải đáp ứng nhiều yêu cầu nghiêm ngặt của Sở y tế. Một phòng khám tư về cơ bản cần quan tâm đầy đủ các yếu tố như nhân sự, tài chính, truyền thông, chiến lược,… Không những thế, muốn tồn tại và phát triển, các phòng khám tư nhân còn phải cạnh tranh gay gắt với các bệnh viên công, bệnh viện tư và các phòng khám khác. Bởi vậy, việc vận hành một phòng khám tư nhân chứa nhiều thách thức, khó khăn hơn cả kinh doanh sản xuất thương mại thông thường.